În această zi, în toate bisericile ortodoxe preoţii fac Agheasmă (apă sfinţită), cu care “botează” apele, oamenii, animalele şi casele, aducând astfel binecuvântarea Sfintei Treimi.
De la Bobotează, se bea Agheasmă Mare, pe nemâncate, timp de 8 zile, ca simbol al veşniciei. Apa sfinţită se păstrează apoi într-un loc curat şi se ia doar cu dezlegare de la preot. Credincioşii o pot folosi în caz de boală, pentru a-şi sfinţi casele, lucrurile şi animalele şi locul de muncă.
În localităţile aşezate pe malul Dunării, al unui râu sau pe ţărmul mării încă se mai păstrează obiceiul ca după slujba de la biserică, preotul să arunce o cruce în apa foarte rece, uneori chiar îngheţată. Cei mai curajoşi bărbaţi se aruncă după ea pentru a o aduce înapoi, iar cel care reuşeşte va avea noroc tot anul. În vechime, cel care găsea primul crucea şi o aducea la mal primea daruri de la domnitorul ţării şi era ţinut la mare cinste de ceilalţi.
Tradiţia ortodoxă cere ca de Bobotează să se facă o masă mare, cu 12 feluri de mâncare, să se mănânce piftie şi grâu fiert şi să se bea vin roşu. Pana la sosirea preotului cu Iordanul sau Chiraleisa, nimeni nu se atinge de mâncare iar, imediat dupa sfințirea mesei, parte din bucate sunt date animalelor pentru a fi protejate de boli şi pentru a fi bune de prăsilă.
Peste obiceiurile creştine ortodoxe de sfinţire a apelor sau de scufundare a crucii s-au suprapus şi multe practici păgâne, unele păstrate încă în lumea satului: afumarea grajdurilor şi a vitelor pentru alungarea duhurilor rele, aprinderea focurilor pe câmp, colindele însoţite de strigături şi zgomote. În ziua de Bobotează se fac şi se prind farmecele şi descântecele, se află ursitul şi se fac prorociri despre noul an. Se spune că, în noaptea de Bobotează, tinerele fete îşi leagă un fir roşu de mătase pe inelar şi îşi pun o rămurică de busuioc sub pernă ca să-şi viseze ursitul.
Potrivit tradiţiei populare, fetele care cad pe gheaţă în ziua de Bobotează se vor mărita chiar în acel an.
Se crede că animalele din grajd vorbesc la miezul nopţii despre locurile unde sunt ascunse comorile.